La fluorite | fluorine jaune doit sa couleur à de petites imperfections dans sa structure appelées centres colorés. Ces centres apparaissent lorsque des ions fluorure (F⁻) manquent dans le réseau cristallin, créant des lacunes où des électrons sont piégés. Ces électrons piégés absorbent certaines longueurs d'onde de la lumière, notamment la lumière bleue, ce qui fait que nous voyons la fluorite en jaune. Les radiations naturelles du sol peuvent créer ou modifier ces centres colorés en excitant les électrons, affectant ainsi la couleur du minéral. De plus, la présence de traces d'autres éléments comme le fer ou des terres rares peut également influencer la couleur en modifiant l'absorption de la lumière. En somme, la couleur jaune de la fluorite est le résultat de ces imperfections internes et de ces influences extérieures.